Em novembro de 2013 foi contratado como diretor técnico do clube.

Antes de sair, ele ainda treinava no time amador Cruzeiro 9️⃣ Esporte Clube (AFAC), sendo a última equipe júnior do clube.

Após a demissão de Ney Franco assumiu os quadros do time.

Em 9️⃣ junho, após boa campanha na Copa Sul-Americana, Ney estreou no Cruzeiro.

No dia 23 de janeiro de 2014, o time sagrou-se 9️⃣ campeão da Libertadores de 2014 com um gol de vitória sobre o Fluminense, no jogo de ida a 0x0, em 9️⃣ Belo Horizonte.